Akvarijeve črpalke poganjajo vodo v ali iz filtracijskih sistemov. Črpalke delujejo tako, da ustvarjajo razlike v tlaku med sesalnimi in izhodnimi ventili.
Prezračevalne črpalke
Prezračevalne črpalke izkoriščajo sile zraka, ki se nahajajo v vodi v cevi. Ko se zrak črpa v vodno cev, neprekinjen tok naraščajočih mehurčkov "vleče" vodo po gibanju navzgor. Aeracijski filtri so zelo poceni in se pogosto uporabljajo v majhnih akvarijih do 20 litrov. Vibrirajoča črpalka ustvarja zračni tlak vzdolž cevi in je priključena na dno sesalnega ali povratnega dela filtra. Če je črpalka priključena na povratno cev, se za dovajanje vode v filter uporablja sifon. Če je črpalka priključena na sesalno cev, se za vrnitev vode uporablja gravitacija.
Črpalke za močni filter
Močnostni filtri so magnetno gnani. Pritrjeni so na filter, običajno drsijo skupaj in delujejo kot ena enota. Moč črpalke uporabljajo dva magneta; ena je pritrjena na rotor znotraj filtra, druga pa na motor. Ko se magnet na motorju vrti, povzroči, da se vrti tudi magnet, pritrjen na rotor. Predilni impeler potiska vodo vzdolž cevi do filtra ali od njega.
Zunanje črpalke
Zunanje črpalke se vzdržujejo zunaj akvarija in imajo tri razvrstitve: centrifugalne, membranske in peristaltične. Centrifugalne črpalke, tako kot pritrjene črpalke močnostnega filtra, imajo magnetni pogon. Vrteč se rotor potisne vodo na zunanjo stran ohišja rotorja in skozi cev. Rotorji in motorji so večji in veliko močnejši od tistih na črpalkah z močnimi filtri. V kratkem času lahko skozi sistem za filtriranje črpajo velike količine vode in se običajno uporabljajo v večjih rezervoarjih (55 litrov in več). Membranske črpalke dovajajo vodo v impulzih, ko motor odpira in zapira membrano, zaradi česar voda vstopa in izstopa iz komore. Peristaltične črpalke uporabljajo črpalke vzdolž gibljivih vodnih cevi za črpanje vode. Ko valj drsi po cevki, se voda potisne v smeri valja. Peristaltične in membranske črpalke uporabljajo bolj izkušeni hobiji, ki želijo ohraniti zelo specifične parametre kakovosti vode.
Potopne črpalke
Potopne črpalke so črpalke z magnetnim pogonom, ki so nameščene v akvariju. So učinkoviti, priročni in majhni, vendar imajo nekaj opozoril. Potopne črpalke ustvarjajo toploto in lahko na koncu pregrejejo akvarij. Ker je potopljen, je treba paziti in paziti na električne vodnike, da se izognemo kratkim in električnim šokom.
